南京是全国经济发达城市之一，也是华东区域中心（华东六省一市：山东、江苏、安徽、浙江、福建、江西、上海，其中上海不是华东区域中心，上海是全国经济中心），全国大学数量最多、质量最高的城市之一。南京市好的大多非常多，综合实力第一名要数南京大学，工学第一名是东南大学，南京航空航天大学也是航空大学的典范，南京农业大学是全国农学排名前三，中国药科大学跻身全国医学前20强，南京理工大学具有浓厚的国防背景，南京邮电大学和北邮南北呼应，南京师大也是师范类院校中排名前十的，南京审计学院是全国审计第一强校，南京体育学院是全国著名的体育院校，南京艺术学院是全国著名的艺术高等学府，河海大学的水利工程专业全国闻名。
据传闻，南京大学要把南京医科大学给合并进来，合并后的综合实力可以赶超浙江大学，跻身全国第三名。
南京市本科大学名单
南京大学
东南大学
南京航空航天大学
南京理工大学
河海大学
南京农业大学
中国药科大学
南京森林警察学院
南京邮电大学
南京工业大学
南京林业大学
南京医科大学
南京中医药大学
南京师范大学
南京财经大学
南京信息工程大学
金陵科技学院
南京工程学院
南京晓庄学院
南京审计学院
江苏警官学院
南京体育学院
南京艺术学院
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