为贯彻“以学生为本”的教育理念，学校除特殊类型招生外给予本科学生转专业机会，新生入学一学年后可依照《甘肃中医药大学普通高等教育转专业管理办法》进行申请。

学校坚持以甘肃道地药材，地方中医药文献，西部常见病、疑难病的中医药防治，名老中医经验传承等研究为重点，建有17个省部级重点学科，9个省医疗卫生重点学科，19门省级精品课程，总面积约2200方米的科研实验中心。有1个教育部重点实验室，3个国家中医药管理局中医药科研三级实验室，4个甘肃省重点实验室，2个甘肃省高校省级重点实验室，2个甘肃省高校人文社科重点研究基地；“甘肃省中药现代化工程技术研究中心”、“兰州中药现代化工程技术研究开发中心”，“西北中藏药协同创新中心”为甘肃省首批“2011协同创新中心”。学校是全国第四次中药普查甘肃省试点工作技术依托单位、国家基本药物所需中药材种子种苗繁育基地建设甘肃省牵头指导单位，还先后承担国家、省部级和其他科研课题2100余项，鉴定省级以上科技成果400余项，获厅局级以上科技进步奖200余项。主编、撰写出版各种学术著作400余部，在省级以上刊物发表科研论文6000余篇。主办《甘肃中医学院学报》、《中医儿科杂志》、《甘肃基层卫生》三种学术期刊，其中《中医儿科杂志》为中华中医药学会系列杂志。学校直属附属医院拥有院内制剂106个，取得了较好的社会效益和经济效益。
学校高度重视党建和政治教育工作，积极开展丰富多彩的校园文化活动、社会实践活动和公益服务活动，推进“大学生素质拓展计划”，先后被评为“全省高校政治教育工作先进单位”、“全省高校统战工作先进单位”。校工会和附院工会被授予“全国教科文卫体系统先进工会组织”荣誉称号。