软件工程专业课程设置分为六大类，依次为公共基础课、专业基础课、专业课、专业选修课、集中实践课和课外实践课。

专业基础课主要有：面向对象程序设计、计算机电路、数据结构、工程数学、离散数学、数据库系统概论、软件集成开发环境、计算机组成原理与实验、工程设计导论、汇编语言、操作系统与实验、计算机网络、软件工程、软件工程专业英语、编译原理与实验、系统分析与设计和软件质量保证与测试等课程。

专业课分为四个方向：动漫与数字媒体艺术方向、数据库应用技术方向、嵌入式软件技术方向和网络与通信软件技术方向。

动漫与数字媒体艺术方向专业课主要有：计算机面设计、数字媒体艺术概论、构成基础、三维动画-MAYA和Flash AS 程序设计等课程；

数据库应用技术方向专业课主要有：MySQL 数据库设计与应用、SQL Server 数据库设计与应用、XML基础、大型数据库开发与应用和数据仓库等课程；

嵌入式软件技术方向专业课主要有：嵌入式操作系统、嵌入式微处理器结构与应用、Android应用程序开发、嵌入式Linux程序设计和WinCE应用程序开发等课程；

网络与通信软件技术方向专业课主要有：通信原理与技术、网络规划设计、WEB 编程技术、网络操作系统和网络信息安全等课程。