贵州医科大学原名“贵阳医学院”，其前身是1938年国民政府批准创建的“国立贵阳医学院”。创建之初主要以当时的北京协和医学院、清华大学、北京医科大学、浙江医科大学、湘雅医学院、武汉大学、中山大学医学院、华西大学、上海医学院、中央大学、北平大学医学院等30多所高校的部分师生为基础组建而成，是当时全国最早直属国民政府教育部的9所国立高等医学院校之一，也是贵州第一所正规的高等学校、贵州最早的国立大学。

1950年“国立贵阳医学院”划归贵州省人民政府管理并更名为“贵阳医学院”；1965年贵阳医学院中医系划离另行组建“贵阳中医学院”。1981年成为全国首批硕士学位授予单位，1985年成为全国首批“免试推荐优秀应届本科毕业生攻读硕士学位”单位，1997年成为全国首批“在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位”单位，2003年成为贵州省唯一的医学博士学位授予单位，2006年成为贵州省省属重点大学，2009年获批一级学科博士后科研流动站，2011年获批基础医学一级学科博士点，2012年成为全国首批“卓越医生教育培养计划”试点高校，2012年成为全国首批“中西部高校基础能力建设工程”（“中西部100所”或“小211工程”）重点建设大学，2013年成为贵州省首批“2011计划”认定单位，4月更名为“贵州医科大学”。