学校为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校之一，是国家第一批卓越医生教育培养计划项目的试点高校。校本部普通高等教育设17个专业：基础医学(“5+2”本硕连续培养)、临床医学(五年制、“5+3”一体化、专业硕士儿科学)、口腔医学、儿科学、护理学、麻醉学、药学、预防医学、医学影像学、公共事业管理、法学、生物技术、生物信息学、临床药学、市场营销、卫生监督、生物医学工程。

在校研究生5331人，普通本科生11704人（校本部7987人、大庆校区3717人），普通专科生3122人(大庆校区)，留学生579人。

学校拥有一级学科博士学位授权点8个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学、生物医学工程、公共管理、药学、护理学），硕士学位授权点11个；二级学科博士学位授权点63个，硕士学位授权点66个。博士后科研流动站5个，生物学、药学博士后科研流动站为全国优秀博士后科研流动站。拥有国家重点学科2个、国家重点培育学科1个，国家临床重点专科建设项目33个，省级重点学科（群）21个，国际合作联合实验室1个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，省部共建教育部重点实验室3个，卫生部重点实验室2个，省级重点实验室13个，省普通高校重点实验室11个。

2003年通过教育部七年制高等医学教育教学评估。2004年通过国家自然科学基金委理科基础科学研究和教学人才培养基地评估。2005年获教育部本科教学工作水评估等优秀成绩。2006年学校作为国内首家医学院校参加了国际医学教育认证试点性评估，36项办学指标全部达到世界医学教育联合会（WFME）医学教育全球标准的基本要求，其中26项指标达到高质量标准要求，人才培养质量得到了国外专家肯定。作为牵头方成立中俄医科大学联盟。2015年获批部委省共建大学。“十二五”以来，主编教育部、卫生计生委“十二五”规划教材43部。获教育科研立项课题553项，获国家教学成果2项；省级教学成果25项；国家实验教学示范中心4个；国家虚拟实验教学中心1个；教育部卓越医生教育培养计划改革试点项目3项；国家资源共享课程12门；国家视频公开课程4门。发表教学论文757篇，其中国家级教学文章288篇，教学论文获奖28篇；学校为“黑龙江省高等医学教育研究基地”和临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。全国优秀博士学位论文评选1人获得提名。“十二五”以来，获得各级各类科研项目7377项，作为首席科学家主持国家重点基础研究发展计划（“973”计划）1项、国家高技术发展计划（“863”计划）1项、国家重点研发计划专项2项，国家自然科学基金1068项。获得各种奖励770项，国家科学技术进步二等奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖（科学研究）一等奖4项、中华医学科技一等奖1项。获国家科研创新团队1个、教育部科技创新团队2个。共发表论文18264篇，其中，SCI收录6400篇。编写出版著作523部。拥有有效专利369件，其中发明专利153件，软件及著作权10件。与地方政府和企业共建院士工作站2个。获批国家级工程实验室、工程研究中心3个、省级工程研究中心1个，省级工程技术中心2个。 学校专家、学者在国际、国家级学术团体中兼任主任委员、副主任委员、副理事长、常务理事、常务委员的专家达404个职位，担任国际、国家级杂志主编、副主编的专家33个职位，其中有88人在多个国际、国家级学术团体中兼任副主任委员、副理事长以上职务。

主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》《哈尔滨医科大学学报》等6种专业杂志。先后同美国、日本、加拿大、英国、澳大利亚、俄罗斯、德国、韩国等10余个国家的百余所院校和研究机构建立了友好合作关系。

五所临床医学院（附属医院）均为三级甲等医院、全国“百佳医院”。2017年，实际均开放床位17972张，总诊疗人次8136955人次。

学校连续五次被评为全国高等院校政治工作先进集体，连续五次被命名为全国文明单位。学校注重校园文化与环境建设，科技文化型校园建设成为广大师生的共识。校园绿树成荫，红柱碧瓦间高楼耸立，仿古与现代风格交相辉映，彰显了博学与高雅的校园环境。