学校现有国家一级重点学科1个，国家二级重点学科2个，国家重点（培育）学科2个；江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科2个、重点序列学科2个；江苏省重点学科10个；国家中医药管理局中医药重点学科33个。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%。学校是全国首批具有硕士学位、博士学位授权的单位之一。现拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士一级学位点，学位点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科。

学校坚持以学生为中心，着力推进9年本博一贯制和“5+3”一体化中医拔尖人才培养模式改革，入选国家“卓越医生（中医）教育培养计划改革”首批试点高校。现有卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目3个，国家级专业建设点5个，国家级专业综合改革试点项目2个，国家级精品资源共享课程6门，国家级教学团队2个，国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级实验教学示范中心3个，国家级大学生校外实践教育基地1个，国家级规划教材（主编）33部，国家级教学成果4项。建设有南京中医药大学附属医院（江苏省中医院）、南京中医药大学第二附属医院（江苏省第二中医院）、南京中医药大学附属南京八一医院（中国人民解放军第八一医院）等3家直属附属医院、29所非直属附属医院、4所中西医结合临床医学院和3所附属药业，各类教学及毕业实基地逾百所。

学校科研实力雄厚，现有国家发改委工程研究中心1个，教育部重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，江苏省重点实验室2个，江苏省工程研究中心（工程实验室）6个，江苏省高校重点实验室7个（含国家重点实验室培育建设点1个），江苏省海洋重点实验室1个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个，国家中医药管理局重点研究室4个，国家技术转移示范中心1个，是国务院和文化部首批命名的“全国古籍重点保护单位”，是中国中医药文献信息检索中心南京分中心。年来，学校科研工作成绩显著，先后获国家科学技术进步奖二等奖2项，2016、2017年度国家自然科学基金资助立项总数位居全国高校百强行列，项目经费总额名列全国中医药院校前茅。学校主办的《南京中医药大学学报》系中国科学引文数据库（CSCD)核心库来源期刊，中文核心期刊，中国高校百佳科技期刊。

学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，是全国中医师资进修教育基地。拥有国医大师6人，全国名中医4人，双聘院士2人，“”特聘教授2人，国家杰出青年科学基金获得者6人，国务院学科评议组成员3人，国家“973计划”项目首席科学家1人，百千万工程国家级人选7人，国务院政府特殊津贴获得者54人，国家有突出贡献中青年专家2人，国家教学名师2人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人，中医药高等学校教学名师3人，国家自然科学基金优秀青年基金1人，江苏省特聘教授10人，白求恩奖章获得者2人，何梁何利基金科学与技术创新奖获得者1人，形成了一支在全国中医药院校中领先的高水教师队伍。

学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心，是国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一。1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河。学校着力通过海外孔子学院和中医药中心，推动中医药海外传播。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了中医孔子学院，同志出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力，先后在大洋洲、欧洲、美洲建立了8个海外中医药中心，其中中国—澳大利亚、中国—瑞士、中国—法国3个中心成为国家级海外中医药中心。

在长期的办学实践中，学校秉承“自信、敬业”的校训、“团结奋进、继承创新”的校风、“学贯中西，至精至诚”的办学理念、“仁德、仁术、仁人”的教育理念，彰显，追求卓越，各项事业快速发展，2012年在全国中医院校中率先通过护理学专业认证，2015年学校以优异的成绩顺利通过本科教学工作审核评估和中医学、中药学专业认证，2016、2017《中国大学评价》排名位居全国中医药院校之首。面向未来，学校将继续深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，坚持发展，加强内涵建设，积极创建高水、有、国际化的世界一流中医药大学。