透明计算还实现了计算机安全级别的全面提升。它将网络互联台由较高的网络层下降到计算机芯片和操作系统间的接口层，从而打开了被国外厂商控制的芯片与操作系统之间的“黑匣子”，在接口层设计保护程序，改变了计算机领域70年的固有思维和产品结构模式，在理论上可防御所有病毒对计算机系统的攻击，使用户放心使用各种网络服务。

透明计算改变了我国操作系统发展一贯采取的“替代策略”，是一次革命性创新，可以从根本上改变我国国家网络安全和操作系统技术长期受制于人的局面。同时，透明计算具有形成新的信息技术产业链、拉动其他产业升级换代的前景和能力。

超级操作系统可以在桌面终端、智能手机、智能家电甚至工厂设备上运行，实现全网络化管理硬件、虚拟化和软件资源，包括传统的操作系统、物理硬件和底层虚拟化资源，使得用户可以选择并运行任何服务需求。

目前，透明计算已成功应用于我国大型冶金企业的工控系统与工程设计，跨区域、跨医院、跨系统的就诊服务，个体化医疗信息安全采集和科研应用，手机定位功能、高校实验室管理等方面