上海中医药大学创立于1956年，是新中国诞生后国家首批建立的四所中医高等院校之一。1993年上海中医学院更名为“上海中医药大学”，是全国高等中医院校中最早升格为大学的院校之一。2000年原上海医学高等专科学校并入我校。2003年为实施上海市高校布局调整规划，学校整体搬迁至浦东张江高科技园区，成为“张江药谷”的重要组成部分。

学校各类在校生有7400余人，其中博士生349人、硕士生827人、本专科生（包括高职）4671人，成人教育987人，长期外国留学生588人，短期留学生每年600余人次，境外学生占本科人数总数达13.26％。

学校设有19个二级学院及部、中心，5所附属医院，19家医教研联合体医院，14个附属及共建研究所，9个研究中心；拥有中医学、中西医结合医学、中药学3个一级学科博士学位授予权，15个博士点，23个硕士点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科；本、专科专业（方向）28个；继续教育的本、专科专业9个。

1999年学校顺利通过了首批国家教育部本科教学工作优秀水平的评估，现为国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地以及中国大学生武术训练基地。是为数不多的同时拥有三个人才培养基地的高校之一。学校还拥有全国规模最大的中医药博物馆，同时也被上海市列为“十大科普基地”之一。

学校作为最早建立的高等中医药院校，50年来名医荟萃，人才辈出。首任校长程门雪是我国著名的中医学家和中医教育家，近代中国举办中医学专门学校第一人，一大批闻名海上的名医大家纷纷投身于学校的教学和临床工作之中，其中不乏孟河学派、蔡氏妇科、徐氏儿科、顾氏外科的传人。改革开放后，被列为国家中医药管理局全国名老中医继承班导师的就有10余人，上海市人民政府命名为“上海市名中医”中90％以上为系统著名专家。在老一辈中医学家的带动下，近年来，学校又有多名中青年学术骨干进入“国家百千万人才”、“国家青年基金”、“教育部新世纪优秀人才”、“上海市领军人才”、“上海市医学领军人才”等高层次人才培养计划，其数量居全国中医药院校领先地位，为学校可持续发展大侠了坚实的人才基础。