21项，其中，国家“973计划”项目、“863计划”项目、国家重大专项、国家科技支撑计划、行业专项、国家自然科学基金项目等国家级课题122项，（其中“973”牵头项目1项，“973”课题6项，“863”课题1项，国家重大科技专项牵头5项，国家科技支撑计划课题11项，行业专项3项，国家自然科学基金项目57项）；获各级各类科技进步奖37项，其中，部省级一、二等奖18项，申请国家专利73项；到位科研经费过亿元，技术合作或转让合同经费5千多万元。
学校1994年发起组建的高科技股份制公司“华神药业股份有限公司”是中医药院校参与发起的第一家上市公司。2002年，学校参与发起成立国家中药现代化产业基地（四川），并承担了四川省33个GAP基地中17个基地的建设指导工作。2002年以来，学校先后承办了由国家科技部等三部两局两院和四川省人民政府共同主办的第一、第二届中医药现代化国际科技大会的学术组织工作，目前正在承办的第三届中医药现代国际科技大会的学术组织工作。
学校是教育部最早确定的有条件接受外国留学生的200所高校之一，也是最早开展对港澳台教育的中医药院校之一。学校自上世纪八十年以来接收和培养了来自韩国、日本、新加坡、以色列、德国、美国、法国、捷克及香港、澳门、台湾等29个国家和地区的学历学生（包含本科、硕、博士研究生）及多种类型的中医药、针灸短期进修培训学员4300余人次，培养了我国第一位外籍针灸学博士和方剂学博士。学校与美国、葡萄牙、德国、日本、以色列、新加坡、韩国、香港、台湾、澳门等22个国家和地区的大学、医疗、科研机构及学术团体建立了交流合作关系。经教育部批准同意，我校在葡萄牙举办了中医针灸本科学历教育分校，是我国第一个在海外举办中医药高等学历教育的高校。学校与英国牛津大学、伦敦城市大学开展了本科、研究生合作培养项目，与台湾义守大学等高校开展了互换生（互相交换学生學習）校际交流项目，每年选派一批学生到项目合作高校交流學習。我校是科技部授予的“中医药国际科技合作基地”，国家中医药管理局授予的“中医药国际交流合作教育基地和医疗基地”，世界卫生组织也在我校设立了“WHO合作中心”。