南京医科大学是一所一本大学，学校是江苏省属重点建设高校，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。

学校设有19个学院（包含康达学院）。拥有24所附属医院和50多所教学医院。学校校本部现有在职教职工1700多人，其中学校编制专任教师884人。有教授215人、副教授305人，有博士生导师407人、硕士生导师1616人。学校现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“奖励计划”特聘教授3名、青年学者2名，国家“”百千万工程领军人才1人，国家“”科技创新领军人才3人，国家“”青年拔尖人才2人，国家百千万人才工程7人，国家杰出青年科学基金获得者9人，优秀青年基金获得者12人，国家级教学名师1人，全国优秀教师1人，江苏特聘教授32人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。

学校现有一级学科博士学位授权点8个（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学）、二级学科博士学位授权点54个、3个交叉学科博士学位授权点（临床医学工程、人文医学、健康政策管理）；一级学科硕士学位授权点12个、二级学科硕士学位授权点67个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、29个国家临床重点专科、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。在全国第四轮学科评估中，我校公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、社会科学总论7个学科进入ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等7个学科立项为江苏高校优势学科建设工程三期项目。