济宁医学院共计开设27个专业，分别为预防医学、临床医学、护理学、药学、医学检验、药物制剂、精神医学、病理学与病理生理学、神经病学、免疫学、心血管疾病研究诊疗中心等，具体完整专业名单见下表。

济宁医学院专业一览表

济宁医学院重点专业名单

1、国家级专业（2个）：预防医学、临床医学。

2、省级专业（7个）：预防医学、临床医学、护理学、药学、医学检验、药物制剂、精神医学。

3、山东省省级教学改革试点专业（1个）：临床医学。

4、山东省重点学科（5个）：病理学与病理生理学、神经病学、免疫学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学。