四川农业大学是一本，四川农业大学是一所以生物科技为，农业科技为优势，多学科协调发展的国家“211工程”重点建设大学和国家“双一流”建设高校，也是教育部本科教学工作水评估优秀高校。

学科门类齐全、鲜明。现设有学院26个，研究所(中心)15个，国家重点实验室（筹）1个，涵盖农学、理学、工学、经济学、管理学、医学、文学、教育学、法学、艺术学10大学科门类。有博士后科研流动站7个，博士学位授权一级学科11个、二级学科48个，硕士学位授权一级学科18个、二级学科87个，专业学位授予类别8个，本科专业91个；国家重点学科和重点培育学科4个，部省重点学科19个。

2005年学校被确定为全国援疆学科建设计划40所重点高校之一。根据2017年全国第四轮学科评估结果综合计分，学校在全国农林高校、在川高校中分别位居第7、第4。

从2015年起，农业科学、植物学与动物学2个学科ESI排名持续稳定保持世界前1%。2017年动物营养与饲养科学、2018年作物学入选全国高等院校学科创新引智计划（111计划）。