药物化学专业课程有有机化学、生物化学、生理学、药理学、高等药物化学、药物合成设计、药物合成反应、近代有机合成、药物设计进展、天然产物化学、有机光谱鉴定、有机结构测定的物理方法等。

药物化学专业主要培养具有药学、管理学、经济学、法学等相关的知识和技能，能在药品部门及相关机构从事药物化学分析、药事与企业管理、策划以及教学、科研等方面的工作，探索药物化学事业科学发展规律的复合型高级人才。通过药物化学专业的學習，使学生能够熟悉化学药物的结构、理化性质、体内代谢及临床应用，为有效、合理地使用化学药物提供理论依据，为从事新药研究奠定理论基础。

药物化学专业的毕业生，因为有着扎实的生化研究和分析的基础，则也有着多方面的就业机会，一是可以进入日用化工行业，二是可以进入生化药品行业，三是可以进入石油化工行业，四是可以直接进入制药和从事药物制剂开发、研究、质检以及销售代理岗位。