福州大学最好的王牌专业有电气工程与自动化专业、化学类专业、机械设计制造及其自动化专业以及车辆工程专业等。

国家级专业：机械设计制造及其自动化、车辆工程、电气工程与自动化、化学类、化学工程与工艺、土木工程、资源勘查工程。

省级专业：市场营销、工业设计、计算机科学与技术、勘查技术与工程、物流管理、金融学、会计学、食品科学与工程专业、电气工程及其自动化、材料科学与工程、通信工程等。

省级重点学科：化学、土木工程、化学工程与技术、数学、地理学、电气工程、机械工程、计算机科学与技术、电子科学与技术、信息与通信工程、环境科学与工程、工商管理、管理科学与工程、药学、材料科学与工程、应用经济学、控制科学与工程、公共管理、地质资源与地质工程、法学、生物学、生物医学工程、水利工程、建筑学、食品科学与工程、设计学。

省重点学科：土木工程、数学、管理科学与工程、电气工程、机械工程、材料科学与工程。