安徽医科大学前身是上海东南医学院，创办于1926年5月，1949年底响应华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省怀远县，成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年迁至省会合肥市现址，改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校占地约86万方米（1296 亩），建筑总面积约70余万方米。建校以来，共为社会培养医学人才38000余人。 学校坚持规模、结构、质量、效益协调发展，办学水不断攀升。学校的办学定位是建设鲜明、国内先进水的教学研究型医科大学。2006年10月，学校成功地举办了以“人文、学术、创新”为主题的80周年校庆，成立校董事会和校友联谊会。学校将现代著名教育家蔡元培先生专门为学校前身东南医学院毕业生的题词“好学力行，造就良医”，确立为新校训。