学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究(GCP)中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心的依托建设单位。学校现有1个国家教育部工程研究中心、3个点省部级工程研究中心、2个省重点研究机构、1个江苏高校协同创新中心、1个省部共建针药结合重点实验室、3个国家中医药管理局重点研究室、6个江苏省重点实验室、8个国家中医药管理局三级实验室、1个国家中医药管理局二级实验室、2个南京市工程技术研究中心、2个校级重点实验室。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。

学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，涌现出了一批又一批蜚声海内外的专家、学者，培养并诞生了9位“国医大师”(占全国的三分之一)、5位中医药界院士(占全国的二分之一)。年来，先后有10余人次荣获“国家级有突出贡献中青年专家”、“国家教学名师”、“全国模范教师”、“全国优秀教师”、“全国先进工作者”、“全国师德建设先进个人”等各类全国性荣誉称号和表彰。

学校是世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医文献检索中心分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。2011年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，时任国家副主席出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。 面向未来，南京中医药大学将进一步继承和发扬办学的优良传统和作风，不断深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，加强内涵建设，提升办学水，通过办学规模、结构、质量、效益的协调发展，积极创建“国内一流、国际著名”的研究教学型中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明的高水大学行列。

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