南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、江苏新医学院、南京中医学院等历史时期，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。半个世纪以来，南京中医药大学为新中国高等中医教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，培养并诞生了新中国中医药界最早的学部委员(院士)，为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。

学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生20000余名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院共9所直属学院，24个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了“以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展”的办学格局。

学校现有3个国家重点学科、14个国家中医药管理局“十一五”重点学科、19个国家中医药管理局“十二五”重点学科、4个江苏省高校优势学科建设工程、8个江苏省重点学科(其中2个列入国家重点(培育)学科)。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个博士点和44个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有5个国家级专业、6门国家级精品课程、2个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材(主编)。现已建成22所附属医院、5所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实基地逾百所。