独立学院的毕业证和本校的毕业证含金量可能存在一定区别。

独立学院是实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合伙，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校，属于民办性质。独立学院具有独立的校园和基本的办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历学位证书，具有独立法人资格。

独立学院的毕业证通常会加盖独立学院的印章，而本校毕业证一般只盖有学校校名印章。例如，厦门大学嘉庚学院的毕业证书加印的是“厦门大学嘉庚学院”的印章，区别于本部的“厦门大学”印章。

在社会认可度方面，由于独立学院的生源质量相对于本校可能有一定差距（其录取分数线通常低于本校，且大部分在本科第三批次招生，少量获得本科第二批次招生资格），这可能会影响到其毕业证的含金量。然而，这并不意味着独立学院的毕业证就没有价值。

一些优秀的独立学院可能在某些专业领域具有一定的优势，其教学质量、师资力量、硬件设施等方面也可能较为出色。而且，学生个人的能力和综合素质在就业和未来发展中起着至关重要的作用。

需要注意的是，不能简单地一概而论认为独立学院的毕业证含金量就低于本校，具体的认可度还会受到多种因素的影响，如学校的整体声誉、专业设置与市场需求的契合度、学生自身的专业技能和综合能力等。在选择学校时，应综合考虑学校的各方面情况，而不仅仅局限于毕业证的含金量。

同时，年来，一些独立学院也在不断提升自身的教育质量和办学水，并且部分独立学院可能会转设为民办普通本科高校或与其他高校合并等，其毕业证的含金量也可能会随之发生变化。因此，对于具体学校的毕业证含金量，建议参考该校的历年毕业生就业情况、社会声誉以及相关的教育评估等信息。